# RNA-seq 分析环境依赖清单
# 用法：mamba env create -f environment.yaml        （或 conda env create -f ...）
#       conda activate rnaseq
# 说明：下面写的是撰写时的版本号，仅作参考。若创建环境时报找不到某个版本
#       （solvability / PackagesNotFoundError），把对应包的 =版本号 删掉即可，
#       conda 会自动选当前可用版本。正式分析前请保存 conda list 的输出以便复现。
name: rnaseq
channels:
  - bioconda
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  # ---- 基础工具 ----
  - python=3.11
  - pip
  # ---- 质控与修剪 ----
  - fastqc=0.12.1
  - fastp=0.23.4
  - trim-galore=0.6.10
  - multiqc=1.21
  - sortmerna=4.3.6
  # ---- 比对 ----
  - bwa=0.7.18
  - bowtie2=2.5.3
  - hisat2=2.2.1
  - star=2.7.11b
  - minimap2=2.28
  # ---- 处理 SAM/BAM/VCF ----
  - samtools=1.20
  - bcftools=1.20
  - bedtools=2.31.1
  - picard=3.1.1
  # ---- 序列工具 ----
  - seqkit=2.8.1
  - mafft=7.526
  # ---- 定量 ----
  - subread=2.0.6          # 提供 featureCounts
  - salmon=1.10.2          # 伪比对定量
  - kallisto=0.50.1
  - rsem=1.3.3
  - stringtie=2.2.3
  # ---- 表观 / 变异 ----
  - macs3=3.0.1
  - deeptools=3.5.4
  - snpeff=5.1
  # ---- 流程引擎（可选，跑 nf-core 时用）----
  - nextflow=24.10.0
  # ---- R 与常用包 ----
  - r-base=4.3
  - r-tidyverse
  - r-ggplot2
  - r-pheatmap
  - r-rcolorbrewer
  - bioconductor-deseq2
  - bioconductor-edger
  - bioconductor-tximport
  - bioconductor-clusterprofiler
  - bioconductor-org.hs.eg.db
  - bioconductor-enrichplot
  - bioconductor-complexheatmap
  - bioconductor-chipseeker