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代码验证报告

这个站点收录的每一个脚本，都在真实环境里跑过一遍才放上来。目标是：你复制命令就能出结果，而不是先花两天调环境、最后发现模板本身是错的。

为什么要单独做这一页

教程类内容最容易出的问题不是「写得不好」，而是「根本没跑过」——路径写错、依赖版本冲突、参数早就变了，读者照着做只会卡住，还以为是自己的问题。所以这里把验证过程完整摊开：环境怎么建的、命令是什么、输出长什么样、哪里出过问题。

vs_batch.py已实测跑通分子对接与虚拟筛选

1IEP（c-Abl 激酶 + 伊马替尼）体系上批量对接 5 个配体，全部跑通，产出 poses/ 与 results.csv。阳性对照伊马替尼重对接得 −13.27 kcal/mol，top pose 与共晶结构 RMSD 0.270 Å（Vina 官方示例 0.283 Å），重对接成功。

实测环境：Python 3.11.16 + vina 1.2.7 + meeko 0.8.0 + rdkit 2026.03.1 + openbabel 3.2.1，全部版本号见日志
实测耗时：单配体冒烟测试 24 s；5 配体批量（exhaustiveness=16）2 min 27 s
跑出 2 个真实缺陷并已修复：一是不同目录下的同名配体会互相覆盖输出（并发写同名文件），二是输入文件或 vina 路径不存在时不报错、静默失败
修复前的原文件另存为 verify/docking/vs_batch.orig.py，逐行改动见 diff
脚本本体只依赖 Python 标准库 + vina 可执行文件；准备 PDBQT 输入才需要 meeko / rdkit / molscrub

requirements.txt已按实测环境核对分子对接与虚拟筛选

依赖清单在真实环境里逐条装过。已补上 molscrub 漏声明的 joblib——照原清单安装，跑 scrub.py 会直接 ModuleNotFoundError。

README.md安装步骤已实测分子对接与虚拟筛选

文档里的建环境、装依赖、准备受体配体、跑批量的命令逐条执行过；其中 pip 安装清单按实测补了 joblib。

即使标了「已实测跑通」，也请注意：脚本用的是示例数据，换到你的体系时路径、分组名、参考文件版本都要按 README 改。跑不通先看日志末尾的报错，再对照模块页里的「常见坑」。

页面里指向站外资源的链接，都用 build/check_links.py 逐条真实请求核对过一遍，不是凭印象写上去的。复检时间 2026-09-23，共 171 条，正常响应 158 条。

下面这些站点会拒绝脚本发起的自动请求（403 / 405 / 429），用浏览器正常打开没问题，属于「存在但挡爬虫」：

这几条脚本连不上，但已逐条用浏览器复核过：站点本身都能打开，只是对脚本请求响应超时或限流。链接保留，点开正常。（确有失效的——原「生信技能树」旧博客域名当时已解析不了——已从正文换成可用的同类资源。）